新宿事件的故事發生在1990年代，成龍飾演的苦力勞工─鐵頭，冒著生命危險偷渡到日本為了找尋到日本留學的青梅竹馬女友─秀秀(徐靜蕾飾演)。鐵頭在日本投靠同村好友阿傑(吳彥祖飾演)，與其他的偷渡一起窩在一處大雜院，成為日本社會中最低層的人。正當鐵頭想要放棄尋找秀秀的念頭，赫然發現她已經成為日本黑幫「三和會」副會長的妻子，並且育有一女。鐵頭斷了念，決定在日本落地生根好好過日子，此時他也在夜店裡認識了媽媽桑─麗麗(范冰冰飾演)。因為偷渡客在當地無法從事正當職業，為了生存，鐵頭說服阿傑一起開始搞起不法勾當，他們一群人的勢力也慢慢的茁壯。沒想到某天阿傑卻被其他幫派的人欺負，之後他性格大變，不再受鐵頭控制；此時鐵頭也因為獲得幫助得到日本身分而決定改邪歸正好好做人，問題是鐵頭前面的那段歲月卻不肯放過他。陰錯陽差的許多事情搞到黑道大火拼的可能越來越近，鐵頭要如何全身而退，還能拉兄弟阿傑一把？