未來年代，病毒肆虐，連昆蟲都恥於和人類為伍。嚴國——年輕的藥用植物學家，為了尋求一片各種生物和諧共存、適宜做研究的淨土，與未婚妻兼助手寶寶一起來到了星月島上。他倆在月老樹前種下祈福的幽生蝴蝶蘭，卻沒想到，就在本該接受祝福的花開時刻，嚴國卻陷入了長久的昏迷。傷心的寶寶和月老達成協議，她願意變成蝴蝶三年，來換取嚴國的甦醒。

嚴國醒來，不見寶寶，終日消沉，無心繼續研究工作。愛慕嚴國的鄰家女孩白蘭常常去看望他，但嚴國只把她當作妹妹。嚴國不知道，化為白蝶的寶寶其實每天都會去看他。因為總是去人類居住的小屋，白蝶寶寶遭到了一些昆蟲的歧視，但她也結識了兩個在危難時挺身而出幫助她的好朋友——螞蚱鐘斯和瓢蟲阿飄。慢慢地，嚴國也留意到了這只似乎有靈性的白蝶，並為它做了一間蝶屋收留它，可是白蘭對蝴蝶過敏，所以她很討厭這只博得國青睞的蝴蝶。

女記者楊霖來星月島上採訪嚴國，為嚴國的消沉感到焦慮，於是想辦法開導他。嚴國在楊霖的開導下重新振作起來，兩人也漸漸萌生愛意。白蝶寶寶看到這一切，心情複雜。

三年的期限就快到了，島上疑似爆發瘟疫，滅蟲隊要把島上其他生物全部毀滅掉，嚴國與楊霖帶領島民為了阻止這場殺戮盡了自己最大的努力。白蝶寶寶為了幫嚴國，也為了救助她的昆蟲朋友，不顧安危飛去很遠的地方去尋求另一種神秘的花粉，這種花粉混合幽生蝴蝶蘭的花粉，就是嚴國急需的可以控制事態發展的良藥。然而，蝴蝶畢竟太弱小了，憑著愛的支撐，白蝶寶寶回來了，儘管翅膀只剩下半對。

再次面對月老，白蝶寶寶說，既然他找到了更合適的愛人，就讓我繼續做一隻蝴蝶吧。可是事情並非像寶寶想的那樣，嚴國還是婉拒了楊霖，雖然他們互相欣賞，可是，嚴國的心裡始終沒有停止對寶寶的思念，他一直在等待寶寶回來的那一天。


【導演的話】
我一直有意發展一個純真感人的動畫電影，幾年前，一則名為《你的肩膀上有蝴蝶嗎》的短篇愛情童話風靡網路，這個故事點燃了我的想法。在當下這個連感情都成了速食消費品的浮躁物質社會，還會有人執著於愛情，甚至不惜自我犧牲嗎？真愛是否真的存在？愛，是否也該是一種延伸？對其他生物，是誰賦予了人類絕對的生殺權？它們難道不是和我們人類一樣，是自然的一部分？

帶著這些疑問，我們讓《肩上蝶》從半虛構的星月島出發，力求使它成為一部視聽唯美的真人結合動畫電影，既講述令現代人覬覦的真愛傳說，同時亦警醒世人，我們今日欠下大自然的債總有一天是要還的。希望大家都能珍惜眼前，愛護世間萬物。