他，聰明絕頂、冷酷無情

他們是歐洲各國情報機關最忌諱的間諜情報組織─「D機關」

二次大戰前，日本陸軍在結城中校（伊勢谷友介 飾）的力排眾議下，成立了間諜培訓學校「D機關」，所有成員都被灌輸了徹底否定軍人信條的三大戒律：「不准死」、「不准殺人」、「不准被抓」。這樣的組織自然成為他人的眼中釘，時時腹背受敵……。

天才間諜嘉藤次郎（龜梨和也 飾），頭腦聰明身體能力出色，在「D機關」殘酷訓練後初次執行任務，目標是潛入名為「魔都」的國際都市，偷取美國大使的機密文件「黑筆記」。在這裡他遇上美國大使的愛人琳（深田恭子 飾），和蘇聯、英國，甚至是和「D機關」對立的日本陸軍激進派展開戰鬥，之後更因為違背長官結城中校命令即將接受死刑懲處，他能否逆轉戰局？終極的鬥智之戰即將展開！