艾連回憶起殘酷的過往，在悲憤吶喊著「從這個世界上驅逐掉巨人！一個都不剩的！」的同時，卻無意識地變成了巨人…

不知如何運用巨人化能力的艾連，即使受到審判，仍願意為了全人類生存而戰，所以，有人讚頌他是「救世主」，也有人害怕到認為他是會帶來毀滅的「惡魔」

艾連巨人化的謎團尚未解開，具備智慧的神秘女巨人就突然出現，她擁有其他巨人沒有的能力，讓逐步掌握巨人情報的調查兵團遭受毀滅性的打擊，女巨人的真實身分是誰?隱藏在她身上的真相又是什麼?