被吸入光環中的小智與皮卡丘瞬間移動來到了荒漠市，在那裡，他們遇到來自阿爾刻之谷的少女梅雅利＆胡帕，喜歡惡作劇的胡帕跟小智及皮卡丘立刻成為好朋友。而後，小智他們跟梅雅利的哥哥巴爾札相遇，他手上有據說是封印了某隻神奇寶貝的「束縛之壺」，這壺在散發出邪惡氣息後，突然自行解除封印，一隻擁有相同邪惡氣息的神奇寶貝隨即出現！傳說中的神奇寶貝們也都現身並置城鎮處於危險之中。

　　為了保護城市，小智、皮卡丘以及胡帕的冒險開始了！