父親─千早翔像竟然還活著──。在和「海霧學生會」會長─大戰艦比叡作戰時，自稱代理海霧艦隊總旗艦的超戰艦「武藏」的心智模型，與父親一同現身，向全世界提出勸降。伊號401的艦長─千早群像，為了問海霧他們封鎖海洋的理由，啟航要去尋找海霧的總旗艦─大和，再加上為了跟父親重逢這一新目的，而前往北極海。另一方面，伊歐娜在海參崴靠岸補給時，得知自己從何而來。身為心智模型而有所成長的伊歐娜，開始對「未來」產生了種種想法，但「過去」卻即將折磨她。