長日終盡，眾人各自踏上歸途時，繁華新宿的某條小巷裡，食堂老闆的一天才正要開始。菜單上只有五道菜，但請隨意點菜，條件若允許就可以料理。營業時間是晚上十二點到早上七點左右，大家都稱這裡作「深夜食堂」。某天，常客們不知為何接連以喪服裝扮來到店內，其中一名女客人原本就有著穿喪服舒壓的奇怪癖好，卻在真正參加喪禮後對有著一面之緣的男子產生了好感…
　　附近的蕎麥麵店第二代兒子，老爸過世，他同時煩惱著與母親間不睦的關係，以及與年紀比自己大的女友結婚的問題…；接到兒子為錢煩惱的求援電話，從鄉下趕到東京來、匯了一大筆錢給兒子好友的夕起子，來到食堂用餐聊起自身經歷，雖然本人毫無自覺，但週遭常客卻都想著「被詐騙了吧」，私下為她擔心著...。春夏秋冬，無論心中有著什麼樣煩惱的人，總能在享用老闆的美食後獲得重新出發的力量，這就是深夜食堂的魔力。