原本應該到大木研究所領取要成為自己夥伴的寶可夢的小智，因為睡過頭，等他抵達時只剩一隻不喜歡人類的皮卡丘。儘管兩人相處有些衝突，但卻也慢慢建立起友誼。在決定外出旅行的那天，他們看見傳說的寶可夢──鳳王在天際翱翔。小智與皮卡丘拿著虹色之羽立下誓言──「總有一天，我們會一起去見牠！」
　　於是，小智為了成為世界第一的寶可夢大師，和皮卡丘一起展開了旅程。他們在途中遇見訓練家誠子以及宗次，並聽到了有關鳳王的傳說。「受到紅色之羽的引導，見到鳳王的人，就會成為彩虹勇士。」在不知何時潛入小智影子裡的神秘寶可夢──瑪夏多的引導下，小智一行人前往鳳王棲息的天青山，此時卻出現了一名強敵！
　　他們倆是否能如願見到鳳王？為了實現啟程那天所立下的誓言，兩人現在，即將展開成為「真正的夥伴」的冒險！