魔術師<御主>與英靈<從者>，為了爭奪能夠實現所有願望的許願機「聖杯」進而發動戰爭。就在「聖杯戰爭」發生後10年，戰火在冬木市再度點燃。繼承上次「聖杯戰爭」參加者衛宮切嗣的遺志，他的養子—衛宮士郎決心參與這場戰鬥。
　　士郎的身邊有個十分仰慕他，名叫間桐櫻的少女。她早晚都會出現在衛宮家，為士郎料理早餐和晚餐。她和孤苦無依的士郎一直過著平靜的生活。然而，當「聖杯戰爭」發動時，冬木市的氛圍就變了。到處傳出發生兇殺案的消息，全鎮籠罩在一股不安的氣氛中，於是士郎決定讓櫻留宿在自己家裡。
　　士郎與他召喚出來的從者—Saber，和魔術師遠坂凜締結了同盟，共同面對「聖杯戰爭」。然而，有人卻在暗中進行詭計，讓這場戰爭開始失序，漸漸脫離軌道…