巧虎、琪琪、妙妙和桃樂比，開心的來到卡歐先生的家，參觀他的最新發明—鑽地號，一個不小心啟動了開關，於是巧虎一行人被鑽地號帶進了地底，好不容易鑽出地面後，他們竟然來到了遙遠的沙漠！而鑽地號也壞了……
　　住在沙漠裡的可可跟她的媽媽被可怕的沙塵暴拆散了，巧虎他們決定幫助可可一起尋找她的媽媽，途中遇到了愛玩遊戲的蛇小妹，以及愛唱饒舌歌曲的刺刺哥等好朋友，還來到了沙漠裡的彩虹綠洲。
　　巧虎他們要如何克服困難，幫助可可找到媽媽呢？最後，巧虎和好朋友們能夠平安的回到巧虎島嗎？