過去，因為企圖征服世界的邪惡天才科學家Dr.地獄，而使人類陷入了滅亡的危機。但由於兜甲兒駕駛著被稱為「鋼鐵之城」的超級機器人—無敵鐵金剛，以及夥伴們的努力，才得以恢復和平。
　　而在那世界之戰的十年後，不再當機器人駕駛，而改成為科學家的兜甲兒，某日在富士山地底見到了，被埋在該處的超巨大遺跡——INFINITY，以及同時出現的神秘生命體．莉莎。就在同時，Dr.地獄也神秘的復活了。而Dr.地獄打算利用INIFITY所潛藏的無限可能性，去完成他過去抱持的野心。有史以來最大的危機、千鈞一髮的緊要關頭中，傳說中的駕駛員將與無敵鐵金剛再次一同挺身而出！