魯路修以帶著面具的叛亂之人Zero的身分，讓反不列顛尼亞帝國勢力的黑色騎士團越來越強大；另一方面，朱雀則被任命為第3皇女尤菲米亞的專屬騎士。兩人都各自立足於能發揮實力的天地，此時命運的轉機悄悄到來。
　　尤菲米亞以第11區副總督的身分，宣布建立行政特區「日本」；然而行政特區「日本」一旦實踐了，黑色騎士團存在這世上的意義將消失殆盡。為了打破現狀的僵局，魯路修嘗試著與尤菲米亞面談。為了守護心中自己所重視的事物魯路修早已有所覺悟。
　　得到Geass的代價，讓一絲的希望被長久以來的野心所顛覆，命運的齒輪加速的往悲劇前進。