幕末時期，地球人與外星人「天人」共處的大江戶歌舞伎町，缺錢繳不出房租的萬事屋三人組─銀時（小栗旬 飾）、新八（菅田將暉 飾）、神樂，接受了微笑酒店店長的委託，準備接待一位幕府中不得了的大人物。沒想到，這位大人物竟然是征夷大將軍─德川茂茂（勝地涼 飾）！
　　另一方面，真選組鬼之副長─土方十四郎（柳樂優彌 飾）正被攘夷浪士們包圍，就在他準備拔刀迎戰的剎那，身體竟突然不聽指使地向浪士們下跪求饒！原來土方出現了第二人格─秋葉原阿宅「阿年」，個性也變得懦弱害羞……而此時「真選組」爆發內鬥，遭遇前所未有的存亡危機，將軍也被迫捲入這場陰謀中，全江戶開始動盪不安，萬事屋與阿銀也迎來最大的危機……