21世紀初，一群經過挑選的人類搭上了移民船，離開被哥吉拉蹂躪的地球，決心移民到「天倉e星」。然而移民計畫失敗後，人類決定再重回地球。但因長距離亞空間航行而產生了時空扭曲，他們回到的地方已經是「兩萬年後的地球」。回到地球的主角晴生和其他人類們飽受哥吉拉的攻擊，他這20年來不斷思考對付哥吉拉的戰術，視死如歸的他，和兩種族的外星人一起打敗了哥吉拉。
　　然而喜悅是一時的，那隻哥吉拉只是亞種 ，這時真正的哥吉拉「哥吉拉・Earth」從地底深處現身。這兩萬年來他不斷地生長，已經進化到身長300公尺、重達10萬噸的驚人姿態，身形超巨大的哥吉拉擁有壓倒性的破壞力，將晴生一行人打得支離破碎。後來晴生被瑪依娜救活，瑪依娜就是被視為地球上人類後裔「伏斯亞」的子民。「伏斯亞」是他們在地球上第一次遇見的人型生命種族，他們是人類的後裔。晴生決定要聯合地球上僅存的人類，徹底消滅哥吉拉……