西元2205年，歷史修正主義者主張改變歷史，派出時間溯行軍對過去展開攻擊。為了與之對抗，肩負歷史守護責任的「審神者」喚醒從前的刀劍，將之化為人形，人稱他們為“刀劍男士”。
　　天正十年六月二日，織田信長遭到明智光秀叛變的本能寺之變，遭歷史修正主義者盯上，時間溯行軍企圖讓信長從失火的本能寺中逃脫，藉此改變歷史，所幸被刀劍男士們順利阻止了。沒想到卻接獲「織田信長生還」的消息。為了將偏離的歷史導回正道，刀劍男士再次出陣，回到過去執行暗殺織田信長的任務。信長逃過死劫的謎團以及不斷介入歷史的時間溯行軍…三日月宗近發現他們真正的目的竟然是…？究竟什麼才是正確的歷史？守護之戰，即將展開！