故事描述怪盜基德對斧江財團位於北海道函館的收藏庫發出了預告信，然而奇怪的是，向來只愛盜取名貴珠寶的基德，這次鎖定的目標竟然是一把幕末時代的日本刀。
在此同時，柯南與關西名偵探服部平次，正巧為了劍道大會也來到了函館，面對神秘的殺人事件以及基德的公然挑戰，柯南與平次能否成功阻止基德？而秘藏在刀裡的驚人真相又究竟為何？