哥吉拉與金剛將在【哥吉拉大戰金剛】展開一場史詩級的終極之戰，金剛與牠的保護者，踏上危險的旅程，尋找牠真正的家園，同行的還有跟牠一樣出身於骷髏島的小孤女吉雅，她與金剛間有著獨特且強大的聯繫，但他們意外與憤怒的哥吉拉狹路相逢，並在全球引發一片腥風血雨。

當兩大巨獸爭鋒相對的同時，各自也擁有致力於保護牠們生存和安全的人類角色，賦予怪獸人性化的關係，也讓劇情充滿溫暖人性、幽默歡笑。

【哥吉拉大戰金剛】劇情分成兩條故事線：「挺金剛」、「挺哥吉拉」，也將人類角色分成兩方人馬，各自跟著各自的怪獸發展，故事到最後交集在一起。「挺金剛」的一方有納森林德博士（亞歷山大史柯斯嘉　飾）、艾琳安德魯博士（蕾貝卡霍爾　飾）、小孤女吉雅（凱莉霍特爾 飾），他們努力保護金剛的生存和安全，在一旁隨行，支援金剛與哥吉拉抗衡；