西曆2205年，企圖改變歷史的「歷史修正主義者們」開始攻擊過去的時代。時之政府為了阻止他們，將眾多「審神者」派駐到各個時代去保護歷史。審神者是能喚醒物品中沉睡意念的人，他的力量讓在刀劍之中的付喪神「刀劍男士」誕生，他們與審神者一同投身於守護歷史之戰。本丸現在增加了許多夥伴，某一天，刀劍男士們出陣至永祿八年的永祿之變，在那個戰國亂世，室町幕府第十三代征夷大將軍足利義輝，即將死在三好義重、松永久通等人的手下。然而，刀劍男士們守護歷史的戰役，日漸激化，不見尾聲，一出陣再出陣，看不到盡頭的征戰。雖然本丸的夥伴增加了不少，刀劍男士們卻漸漸顯露出疲態。山姥切國廣在某次出陣時，接觸到「身分不明的敵人」，對方出現在所有不同的時代，彷彿是在累積經驗值，企圖鍛鍊出得以和刀劍男士抗衡的戰力，「我……不會讓義輝大人……死掉的……」。為了對付神祕的敵人，三日月宗近採取的舉動是─────