這次電影的舞台是用雲做成的「雲之國」！雲朵可以讓花草樹木充滿精神，還能降下雨水、變出彩虹，非常珍貴。雲之國製造雲朵，四處旅行，到好多城鎮跟星球發送雲朵。在那裡，誕生了一個雲之子小寶寶，碰巧遇見細菌人他們，紅精靈便將她取名為「軟綿綿」。健康長大的軟綿綿與紅精靈感情越來越好。但是在雲之國卻發生大問題，出現神祕的髒污，飛不起來了！不只這樣，細菌人為了成為雲之國的國王而發明的細菌烏雲怪到處破壞！雲之國和麵包超人住的世界都被烏雲覆蓋，大事不好了！麵包超人他們能夠成功保護雲之國嗎？軟綿綿跟紅精靈的友情又會如何呢？