完成「千年積木」的武藤遊戲，喚醒身體內的另一種人格——闇遊戲。過去的歲月裡，善良的武藤遊戲與朋友們並肩作戰，並與頂尖的宿敵：海馬娛樂集團的社長海馬瀨人進行對決。由於過去的因緣，導致武藤遊戲不得不與存在於身體裡的另一個自己戰鬥。武藤遊戲終於要與闇遊戲正式訣別，踏上各自的旅途。

與闇遊戲的最終決戰之後，武藤遊戲一行人重新回歸平凡生活。然而，此時他的眼前卻出現了神秘少年藍神。同時，全世界接二連三發生神秘失蹤事件。與此同時，海馬只一心一意想尋找到千年積木。而當所有積木都完成之時，決鬥將要再度揭開序幕……