太平洋戰爭已進入尾聲，戰火波及到日本本土，百姓開始過著躲避空襲的緊張生活。中學三年級的清太與四歲大的妹妹節子，在一次空襲事件中與母親走散，最後落得只能投靠遠房親戚，過著寄人籬下的生活。戰事日趨吃緊，政府的補給品也越來越少，親戚的冷漠嘲諷逼使兄妹離家過活。清太揹著節子找到一個無人山洞，過著有一餐沒一餐的日子，唯一的慰藉就是抓取閃閃發亮的螢火蟲，在漆黑的夜裡求得心靈上的暫時寧靜。然而，兄妹倆的生命，也如同螢火蟲一閃一滅般，正逐漸慢慢消逝……