在故事開始時，有些不尋常的情況正在哥吉拉身上發生，牠開始大肆攻擊，行為脫序，而且沒有人知道原因。金剛則是一直生活在未被探勘過的骷髏島，被一群君主計畫的科學家研究監控，但長大的牠愈來愈無法忍受被隔離的生活。

「挺金剛」的一方，納森林德博士（亞歷山大史柯斯嘉　飾）提出一個大膽的任務，把金剛送到牠有機會好好生長的地方，同時尋找一種神祕新能量源。

納森林德博士招攬君主計畫的人類語言學家艾琳安德魯博士（蕾貝卡霍爾　飾），她在骷髏島上研究金剛多年，同時也收養骷髏島上的小孤女吉雅（凱莉霍特爾　飾）。吉雅跟金剛有著獨特且強大的連結，任何人都無法取代。